Dabas aizsardzības mērķis ir bioloģiskās daudzveidības saglabāšana un dabas resursu ilgtspējīgas izmantošanas nodrošināšana. Bioloģiskā daudzveidība ir nepieciešama, lai saglabātu ekosistēmas līdzsvaru, kas, kā cilvēkam, tā arī planētai, ir viens no pamatnosacījumiem veselības un ilgmūžības uzturēšanai. Tā kā aizvien vairāk sugu visā pasaulē izmirst, dabas aizsardzība mūsdienās kļūst arvien nozīmīgāka.
VMD, lai sekmīgi kontrolētu dabas aizsardzību Latvijā esošajās meža zemēs, veic šādas funkcijas:
- dabas aizsardzību regulējošo normatīvo aktu uzraudzību meža apsaimniekošanā;
- mikroliegumu izveidošanu un aizsardzību;
- īpaši aizsargājamo meža iecirkņu tiesisko statusa maiņu.